Méthodologies Génomes et Evolution

Nous utilisons des approaches experimentale, bioinformatique, et théoriques. Nos modèles sont principalement des modèles animaux comme les Arthropodes (Les diptères inclus les Drosophiles, les guêpes à galles ou les parasitoïdes, les cloportes) et les Amphibiens. Il s’agit d’organismes modèles élevés au laboratoire ou collectés dans la nature. Pour étudier les génomes et leur évolution, nous utilisons les technologies NGS combinées à de la transgenèse et des techniques de biologies moléculaire, génétique, cytologies, à différentes échelles, de l’individu à des groupes d’espèces. Notre approache théorique utilise le cadre de la génétique des populations et repose principalement sur des simulations.

Travaux expérimentaux

matériels vivants

Nos specimens proviennent soit de la nature, collectés au cours de missions de terrain, ou sont des populations de laboratoire, maintenu dans notre insectarium ou notre aquarium vertébrés

Transgenèse

Certains de nos projets implique de manipuler le génome. Nous utilisons notre plateau de transgenèse pour produire des lignées de drosophiles génétiquement modifiées (Drosophila melanogaster et autres espèces de drosophile).

techniques moléculaires

Biologie moléculaire, cytologie, biochimie…

Génomique et transcriptomique (NGS)

Une grande partie de nos données correspondent à des données de séquençage (Génomes assemblés, sequençage a courtes ou longues lectures, Séqueçage ARN et petits ARN). Certaines données sont produites au laboratoire, grâce à notre plateau de séquençage (Sanger, MinION). Nous utilisons ces donner pour réaliser des analyses génomiques comparées, des phylogenies, des analyse d’évolution moléculaires. Pour cela nous sommes amenés à developper nos propres pipelines bioinformatiques.