Les éléments transposables sont des entités génétiques souvent considérées comme des parasites génomiques, du fait qu’ils peuvent se répliquer plus rapidement que le génome qui les porte. La transposition de nouvelles copies d’éléments transposables dans de nouveaux sites génomiques, ou la recombinaison ectopique entre copies, peut avoir des effets délétères évidents sur le fonctionnement du génome et des gènes. Les éléments transposables restent néanmoins une force évolutive majeure, en augmentant la diversité génétique, favorisant ainsi l’adaptabilité des génomes.

Comme tous les gènes classiques, les éléments transposables sont soumis à des régulations diverses qui vont limiter le nombre de copies dans le génome et dans les populations, et contrebalancer ainsi l’augmentation du nombre de copies liée à la transposition. De plus, le nombre de copies est lui-même soumis à sélection, dès lors que le fardeau génétique devient trop lourd.

Comme tous les gènes classiques, les séquences des éléments transposables évoluent. Toutefois, la sélection purifiante pour conserver une protéine fonctionnelle est moins forte, la transposition d’une copie pouvant être réalisée grâce aux enzymes fabriquées à partir d’une autre copie (transposition en trans ). Ainsi, de nombreuses copies inactives ou délétées peuvent s’accumuler, et même s’amplifier. Il en résulte ainsi une compétition entre copies d’un même élément, qui s’ajoute à la compétition entre familles différentes dans un même génome.