Stéphane, Dupas
Tel: 01 69 15 49 78
Chargé de recherches
Membre de : DEEIT
Fax 33 1 69 82 37 36
Mèl. Stephane.Dupas@universite-paris-saclay.fr
Trajectoires écologiques et évolutives et réponse des espèces aux changements globaux
Le but de mes recherches est de faire des prédictions sur le devenir de systèmes populationnels à partir de données génétiques et socio-environnementales. Je travaille principalement sur des systèmes impliquant les insectes
Trajectoires coévolutives sur le long terme
Les systèmes génétiques et phylogénétiques étudiés au laboratoire peuvent permettent de mieux comprendre et prédire les trajectoires co-évolutives des espèces et communautés. Les travaux réalisés sur les systèmes génétiques d’interaction hôte parasitoïde (entre drosophiles et parasitoïdes hyménoptères Figitidae du genre Leptopilina) et leur coévolution expérimentale expliquent les patrons géographiques d’interaction observés en Afrique. Ces systèmes génétiques déterminent aussi sur le long terme les trajectoires coévolutives certains aspécifiques présentent une forte inertie phylogénétique, d’autres plus spécifiques entraînent des processus de courses aux armements. Des modèles résistance – virulence similaires ont été caractérisés dans le cas de du parasitoïde Cotesia sesamiae (Hymenoptera: Braconidae) agent de lutte biologique contre les foreurs de tige de céréales cultivées en Afrique subsaharienne (Lepidoptera). Des patrons géographiques ont été analysés à l’aide de d’expériences d’infestation au Kenya et à l’aide de marqueurs moléculaires, neutres (microsatellites), et liés à l’adaptation à l’hôte. Les marqueurs liés à l’adaptation sont les gènes du Polydnavirus symbionte intégré dans les chromosomes de la guêpe, injectées dans l’hôte lépidoptère lors de la ponte, exprimés dans les cellules de ce dernier et responsable de sa suppression immunitaire et de la régulation de sont développement au bénéfice du parasitoïde. Le projet ABC Papogen vise à étudier les mécanismes génétiques des ces adaptations à travers des études de génétique classique et haut débit, soit sur le long terme entre populations adaptées localement, soit sur le court terme dans le cadre d’opération de lutte biologique ou de la préparation des souches lâchées.
La démo-génétique environnementale et réponse de la biodiversité en réponse aux changements globaux
Les données de génétique des populations informent sur la dynamique spatiale, environnementale et écologique des espèces. La formalisation et l’inférence de ces modèles à partir de ces données environnementales, génétiques et sociales peut permettre d’établir des scénarios plus intégratifs pour prédire la réponse de la biodiversité aux changements globaux. Mais les modèles existants de génétique des populations supposent des populations idéales souvent homogènes ou peu nombreuses et ne rendent pas compte de manière formalisée les relations à l’environnement hétérogène ou aux réseaux de connectivités qui les tissent. Mon projet est d’inférer ce type de modèles dans un cadre bayésien, dans celui de la théorie des graphes et de la théorie de la coalescence en utilisant des fonctions reliant des données environnementales et les structures des réseaux sociaux à la dynamique des gènes. Nous travaillons sur des données de types spatio-temporelles dans le cadre d’opérations de lutte biologique ou l’on ajuste des processus de dynamique markoviennes, et sur des données spatiales et environnementales d’insectes au Kenya et en Amérique du Sud ou l’on ajuste des modèles de coalescences ou de théorie des graphes.