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Les virus endogènes sont des génomes (ou fragments de génomes) viraux intégrés dans le génome de la lignée germinale de leur hôte et hérités verticalement dans les populations hôtes. Jusqu’à récemment, la grande majorité des virus endogènes connus appartenait à la famille des Retroviridae, dont le cycle de réplication implique nécessairement une phase d’intégration dans le génome hôte. Aujourd’hui on sait que tous les virus, qu’ils soient à ARN ou à ADN, peuvent s’intégrer (accidentellement) dans le génome de leurs hôtes. En revanche, on ne connait pas encore bien les conséquences que peuvent avoir ces intégrations sur la dynamique des interactions hôtes/virus. Des études récentes ont montré que chez certains insectes, des virus endogènes pouvaient être bénéfiques à leurs hôtes en les protégeant des virus exogènes apparentés. Cette protection peut notamment être conférée via transcription bidirectionnelle des virus endogènes et formation d’ARNs bicaténaires précurseurs de petits ARN ciblant les virus exogènes apparentés. Au cours de ce stage, nous analyserons des données de séquençage haut débit de petits et longs ARNs (RNA-seq) produites à partir de gonades mâles et femelles et de tissus somatiques d’un crustacé terrestre, le cloporte Armadillidium vulgare. Dans un premier temps nous réannoterons finement les virus endogènes que nous avons caractérisés en 2014 sur une nouvelle version du génome du cloporte (issue de l’assemblage de longs reads). Nous mapperons ensuite les données RNA-seq (reads illumina) sur ces régions génomiques. Cela permettra de savoir si certains virus endogènes sont transcrits, comment et dans quel sens, et s’ils sont sources de petits ARNs. Plus largement, cette étude permettra de savoir si à l’instar des insectes, les crustacés peuvent également développer une immunité anti-virale via co-option de virus endogènes. Des connaissances en programmation (R, bash, perl, python…) seront clairement un plus.
Encadrant : Clément Gilbert (clement.gilbert@cnrs.egce-gif.fr)
Co-encadrant : Richard Cordaux (Université de Poitiers)
5 références en lien avec le sujet
Metegnier G., Becking T., Chebbi M.A., Giraud I., Moumen B., Schaack S., Cordaux R., Gilbert C. Comparative paleovirological analysis of crustaceans identifies multiple widespread viral groups. Mob. DNA 6: 16. (2015)
Thézé J., Leclercq S., Moumen B., Cordaux R., Gilbert C. Remarkable diversity of endogenous viruses in a crustacean isopod. Genome Biol. Evol. 6(8): 2129–2140 (2014)
Gilbert C., Meik J.M., Card D.C., Castoe T.A., Schaack S. Endogenous hepadnaviruses, bornaviruses and circoviruses in snakes. Proc. Biol. Soc. B 281: 1791. (2014)
Feschotte C., Gilbert C. Endogenous viruses: insights into viral evolution and impact on host biology. Nature Rev. Genetics 13: 283-296. (2012)
Gilbert C., Feschotte C. Genomic fossils calibrate the long-term evolution of hepatitis B viruses. PLoS Biol. 8: 9: e1000495. (2010)