{"id":5722,"date":"2015-09-14T09:05:31","date_gmt":"2015-09-14T08:05:31","guid":{"rendered":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/?p=5722"},"modified":"2015-09-14T09:05:31","modified_gmt":"2015-09-14T08:05:31","slug":"demogenetique-environnementale-et-reponse-aux-changements-globaux-des-insectes-ravageurs-du-mais-au-kenya","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/?p=5722","title":{"rendered":"D\u00e9mog\u00e9n\u00e9tique environnementale et r\u00e9ponse aux changements globaux des insectes ravageurs du ma\u00efs au Kenya"},"content":{"rendered":"

Nom de l\u2019\u00e9quipe d\u2019accueil<\/strong>
\nDiversit\u00e9, \u00c9cologie et Evolution des Insectes Tropicaux
\nLaboratoire EGCE, B\u00e2t 13, CNRS, 1 av. terrasse, 91198 Gif-sur-Yvette
\nResponsable<\/strong>
\nSt\u00e9phane Dupas, CR, IRD. dupas@universite-paris-saclay.fr, T\u00e9l. 01 69 82 37 25
\nProfil du candidat<\/strong>
\nBiologie des populations (Dynamique et G\u00e9n\u00e9tique), biostatistiques, bioinformatique.
\nDescriptif du stage<\/strong>
\nLe labex BASC d\u00e9veloppe au sein de l’\u00e9quipe DEEIT (UMR EGCE) des biblioth\u00e8ques R et C++ de d\u00e9mo-g\u00e9n\u00e9tique environnementale. Il s’agit d’inf\u00e9rer \u00e0 partir de donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9tiques et environnementales des mod\u00e8les d’\u00e9volution de la biodiversit\u00e9 infrasp\u00e9cifique, et par la m\u00eame d’\u00e9tablir des meilleurs sc\u00e9narios sur son devenir. A l’aide de ces nouveaux outils ou les populations interconnect\u00e9es sont repr\u00e9sent\u00e9es par des graphes, nous comptons alimenter par la g\u00e9n\u00e9tique les mod\u00e8les en r\u00e9seaux du socio\u00e9cosyst\u00e8me et valoriser jeux de donn\u00e9es massifs de g\u00e9nomique ou g\u00e9n\u00e9tique environnementale. Par rapport aux mod\u00e8les purement environnementaux de distribution d’esp\u00e8ce (SDM), les mod\u00e8les sont aussi spatiaux. Ils prennent en compte les processus de dispersion et de dynamique spatiale, particuli\u00e8rement importants dans le cas des changements globaux et des dynamiques saisonni\u00e8res. L’approche par inf\u00e9rence et mod\u00e9lisation stochastique permet en outre de mieux ma\u00eetriser que des approches d\u00e9terministes type mod\u00e8le niche population model (NPM), l’incertitude sur les param\u00e8tres et sur les sc\u00e9narios qui sont produits.
\nLe projet InSPred (BASC) utilise ce type d’approche pour les insecte ravageurs du ma\u00efs au Kenya et leurs antagonistes parasito\u00efdes. Plusieurs s\u00e9ries temporelles et spatiales de suivis d’abondance sont disponibles pour trois esp\u00e8ces de l\u00e9pidopt\u00e8res pour lesquelles on observe des dynamiques spatiales saisonni\u00e8res. Il s’agit en premier lieu de foreurs de tige du ma\u00efs, Busseola fusca<\/em> (Noctuidae), Sesamia calamistis<\/em> (Noctuidae), Chilo partellu<\/em>s (Crambidae) \u00e9chantillon\u00e9s entre 2001 et 2006 sur 79 localit\u00e9s \u00e0 l’\u00e9chelle du Kenya, et, entre 2011 et 2015 sur 170 sites sur r\u00e9partis sur trois gradients altitudinaux Kenyans et Tanzaniens, relativement isol\u00e9s (Taita hills, Kilimanjaro et Machakos). Des donn\u00e9es microsatellites sont disponibles pour B. fusca. Des \u00e9chantillons r\u00e9cent d’une nouvelle esp\u00e8ce invasive, Prostephanus truncatus<\/em> (le \u00ab\u00a0Large Grain Borer\u00a0\u00bb, LGB) ont aussi \u00e9t\u00e9 collect\u00e9s sur ces gradients.
\nLe travail portera sur l’un ou plusieurs des points suivants (il existe une certaine modularit\u00e9, nous pouvons avancer lors du stage soit sur le front des donn\u00e9es soit sur celui du codage du mod\u00e8le, soit sur les deux un peu, et dans tous les cas \u00e9tablir des inf\u00e9rences et des sc\u00e9narios)\u00a0:
\n1) Am\u00e9lioration du mod\u00e8le insecte\u00a0: meilleure prise en compte des stades sensibles aux conditions climatiques. Prise en compte des informations anthroposociales dans les mod\u00e8les a priori (r\u00e9sultats d\u2019enqu\u00eates sur les \u00e9changes de r\u00e9sidus de cultures (foreurs de tige) ou de produits de culture (LGB)). Programmation sous R et C++ des nouvelles fonctionnalit\u00e9s (point 2).
\n2) S\u00e9quen\u00e7age de marqueurs microsatellites pour de nouveaux \u00e9chantillons de B. fusca<\/em> et\/ou LGB au sein des gradients.
\n3) Inf\u00e9rence de mod\u00e8les \u00e0 l’aide des biblioth\u00e8ques R\/C++ existantes et\/ou d\u00e9velopp\u00e9es par l’\u00e9tudiant (algorithme de GIBBS).
\nMots clefs<\/strong>
\nD\u00e9mo-g\u00e9n\u00e9tique environnementale, approche bay\u00e9sienne, mod\u00e8le de niche
\nContact
\n0169823725 dupas@universite-paris-saclay.fr
\nDate de validit\u00e9<\/strong>
\nVendredi 31 Janvier 2016
\nDur\u00e9 (mois)<\/strong>
\n6<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Nom de l\u2019\u00e9quipe d\u2019accueil Diversit\u00e9, \u00c9cologie et Evolution des Insectes Tropicaux Laboratoire EGCE, B\u00e2t 13, CNRS, 1 av. terrasse, 91198 Gif-sur-Yvette Responsable St\u00e9phane Dupas, CR, IRD. dupas@universite-paris-saclay.fr, T\u00e9l. 01 69 82 37 25 Profil du candidat Biologie des populations (Dynamique et G\u00e9n\u00e9tique), biostatistiques, bioinformatique. Descriptif du stage Le labex BASC d\u00e9veloppe au sein de l’\u00e9quipe […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"site-sidebar-layout":"default","site-content-layout":"","ast-site-content-layout":"default","site-content-style":"default","site-sidebar-style":"default","ast-global-header-display":"","ast-banner-title-visibility":"","ast-main-header-display":"","ast-hfb-above-header-display":"","ast-hfb-below-header-display":"","ast-hfb-mobile-header-display":"","site-post-title":"","ast-breadcrumbs-content":"","ast-featured-img":"","footer-sml-layout":"","ast-disable-related-posts":"","theme-transparent-header-meta":"","adv-header-id-meta":"","stick-header-meta":"","header-above-stick-meta":"","header-main-stick-meta":"","header-below-stick-meta":"","astra-migrate-meta-layouts":"default","ast-page-background-enabled":"default","ast-page-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-4)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""}},"ast-content-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""}},"_themeisle_gutenberg_block_has_review":false,"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":""},"categories":[28],"tags":[],"class_list":["post-5722","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-stages"],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5722","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=5722"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5722\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=5722"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=5722"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=5722"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}