{"id":19168,"date":"2025-05-27T14:51:50","date_gmt":"2025-05-27T12:51:50","guid":{"rendered":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/?p=19168"},"modified":"2025-07-04T14:49:27","modified_gmt":"2025-07-04T12:49:27","slug":"offre-de-stage-m2-2024-2025","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.egce.universite-paris-saclay.fr\/?p=19168","title":{"rendered":"Offre de Stage M2 2025-2026"},"content":{"rendered":"\n
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\u00c9tude des transferts horizontaux d’\u00e9l\u00e9ments transposables dans les g\u00e9nomes de Drosophilidae : influence de la proximit\u00e9 g\u00e9ographique\/\u00e9cologique<\/strong><\/h2>\n\n\n\n

Contact : <\/strong>Aur\u00e9lie Hua-Van (Equipe Evolution et G\u00e9nome) aurelie.hua-van@universite-paris-saclay.fr <\/kbd><\/p>\n\n\n\n

Lieu : <\/strong>Laboratoire Evolution, G\u00e9nomes, Comportement, Ecologie \u2013 Universit\u00e9-Paris-Saclay- CNRS \u2013 Gif-sur-Yvette.<\/p>\n\n\n\n

Mots-Cl\u00e9s<\/strong> : El\u00e9ments transposables, Genomique, Evolution, Transfert Horizontaux, Drosophiles<\/p>\n\n\n\n

\u00c9tude des transferts horizontaux d’\u00e9l\u00e9ments transposables dans les g\u00e9nomes de Drosophilidae : influence de la proximit\u00e9 g\u00e9ographique\/\u00e9cologique<\/strong><\/p>\n\n\n\n

CONTEXTE SCIENTIFIQUE :<\/strong>
Les \u00e9l\u00e9ments transposables (ET) sont des \u00e9l\u00e9ments g\u00e9n\u00e9tiques mobiles capables de se d\u00e9placer et de se r\u00e9pliquer au sein des g\u00e9nomes h\u00f4tes. En raison de leur nature \u00e9go\u00efste et invasive, les ET sont fr\u00e9quemment consid\u00e9r\u00e9s comme des parasites g\u00e9nomiques (Hua-Van et al., 2011). Tous les g\u00e9nomes eucaryotes contiennent des ET, qui peuvent repr\u00e9senter plus de 80 % de leur contenu en ADN. Au sein d’une m\u00eame esp\u00e8ce, plusieurs centaines \u00e0 plusieurs milliers de familles distinctes d\u2019ET peuvent coexister. Ces familles peuvent diff\u00e9rer consid\u00e9rablement en nombre de copies, en \u00e2ge, en distribution g\u00e9nomique et en activit\u00e9 de transposition.<\/p>\n\n\n\n

Chez les eucaryotes, les ET sont particuli\u00e8rement enclins au transfert horizontal entre des esp\u00e8ces reproductivement isol\u00e9es, contrairement aux transferts de g\u00e8nes qui sont peu fr\u00e9quents. Des \u00e9tudes r\u00e9centes comparant les s\u00e9quences d’ET entre des esp\u00e8ces phylog\u00e9n\u00e9tiquement \u00e9loign\u00e9es ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 l’\u00e9tendue des transferts horizontaux d’ET (HTT) (Peccoud et al. 2016). Le processus m\u00e9canistique derri\u00e8re les HTT reste largement mal compris, mais les bact\u00e9ries ou les virus pourraient constituer des vecteurs probables. Les opportunit\u00e9s de transfert d\u00e9pendent principalement des interactions entre les esp\u00e8ces ou entre les esp\u00e8ces et leurs symbiotes\/parasites partag\u00e9s, sugg\u00e9rant l’implication de facteurs \u00e9cologiques\/g\u00e9ographiques. Le succ\u00e8s d’un nouvel ET \u00e0 s’amplifier et s’\u00e9tablir dans le g\u00e9nome d’une nouvelle esp\u00e8ce h\u00f4te d\u00e9pend \u00e9galement de divers param\u00e8tres, notamment d\u00e9mographiques, populationnels et phylog\u00e9n\u00e9tiques, ainsi que d’une dose de contingence, telle que la rapidit\u00e9 \u00e0 \u00e9tablir les r\u00e9gulations piARN.<\/p>\n\n\n\n

Bien que certaines insertions d\u2019ETs puissent \u00eatre coopt\u00e9es par l\u2019h\u00f4te et contribuer \u00e0 l\u2019innovation \u00e9volutive, la majorit\u00e9 des insertions sont neutres ou d\u00e9l\u00e9t\u00e8res. Pour limiter leur impact, les organismes h\u00f4tes ont d\u00e9velopp\u00e9 des m\u00e9canismes de r\u00e9gulation, comme la voie piRNA chez les m\u00e9tazoaires, qui suppriment l\u2019activit\u00e9 des ETs et limitent la transposition (Brennecke et al., 2007). De plus, comme les ETs ne codent aucune fonction essentielle pour la cellule h\u00f4te, les insertions individuelles peuvent accumuler des mutations qui ne sont pas \u00e9limin\u00e9es par la s\u00e9lection naturelle. Avec le temps, les m\u00e9canismes de contr\u00f4le, combin\u00e9s \u00e0 l’accumulation de mutations, conduisent \u00e0 l’inactivation et \u00e0 l\u2019extinction des familles d\u2019ET.<\/p>\n\n\n\n

Malgr\u00e9 ces contraintes, des familles actives d\u2019ET persistent dans tous les g\u00e9nomes eucaryotes, en partie gr\u00e2ce aux transferts horizontaux d\u2019ET (HTT) entre esp\u00e8ces, qui semblent r\u00e9currents. Contrairement aux g\u00e8nes classiques, les ETs peuvent se d\u00e9placer entre esp\u00e8ces\/lign\u00e9es isol\u00e9es d\u2019un point de vue reproductif, et des \u00e9tudes de g\u00e9nomique comparative ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 de nombreux \u00e9v\u00e9nements de transfert horizontal, y compris entre des taxons phylog\u00e9n\u00e9tiquement tr\u00e8s \u00e9loign\u00e9s (Peccoud et al., 2016). Bien que les m\u00e9canismes des HTT restent mal compris, des vecteurs tels que les virus, les bact\u00e9ries ou les interactions parasitiques sont suspect\u00e9s. Les proximit\u00e9s \u00e9cologique et g\u00e9ographique sont \u00e9galement consid\u00e9r\u00e9es comme des facteur sfacilitant les \u00e9v\u00e9nements de transfert horizontal, via des environnements, h\u00f4tes ou symbiotes partag\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n

OBJECTIFS DU STAGE :<\/strong>
L\u2019objectif de ce stage est d\u2019\u00e9valuer dans quelle mesure la proximit\u00e9 g\u00e9ographique, \u00e9cologique et phylog\u00e9n\u00e9tique influence le taux et le succ\u00e8s des transferts horizontaux d\u2019\u00e9l\u00e9ments transposables. En utilisant une approche de g\u00e9nomique comparative et de bioinformatique, le\/la stagiaire analysera un ensemble de donn\u00e9es exceptionnellement riche comprenant les assemblages de g\u00e9nomes de plus de 300 esp\u00e8ces de Drosophilidae (Suvorov et al., 2022). La famille des Drosophilidae, qui s\u2019est diversifi\u00e9e il y a environ 50 \u00e0 60 millions d\u2019ann\u00e9es, comprend plus de 4 000 esp\u00e8ces d\u00e9crites et pr\u00e9sente une diversit\u00e9 \u00e9cologique et morphologique remarquable. Cet ensemble de donn\u00e9es constitue une ressource unique en termes d\u2019amplitude phylog\u00e9n\u00e9tique et de variation \u00e9cologique et fournit un cadre id\u00e9al pour \u00e9tudier la dynamique des ETs \u00e0 l\u2019\u00e9chelle \u00e9volutive. Ce projet vise \u00e0 r\u00e9pondre \u00e0 des questions cl\u00e9s telles que :<\/p>\n\n\n\n